Расследование трагедии на глубоководном аппарате не могут начать из-за секретности АС-31. По этой же причине не могут начать процесс опознания тел погибших и их выдачу родственникам. Военные следователи управления СК РФ не могут приступить к расследованию, поскольку не имеют необходимого допуска.
3 июля в Североморск, где базируется носитель АС-31 подводная лодка "Оренбург" прибыли представители департамента военной контрразведки ФСБ и Главного военного следственного управления СКР с соответствующими допусками. Российские СМИ утверждают, что с большой вероятностью расследование трагедии будет происходить под грифом секретности.